Исторически уголь КУБа содержал много серных примесей, что делало его менее ценным и одновременно создающим серьезные экологические риски. Шахтные воды, насыщенные химикатами и кислотами, откачивались в местные реки, что губительно сказалось на экосистеме региона. После закрытия шахт в 90-х годах грунтовые воды снова заполнили заброшенные выработки, вернув кислые стоки в реки. Вода приобрела характерный жёлтый оттенок, и в реках вымерла флора и фауна. Министерство энергетики выделяло средства на работы по ликвидации последствий, но результаты оказались формальными.
Расследование выявило массовые факты фиктивных работ: ведомственные проверки обнаружили, что Минэнерго выплачивало деньги за нереализованные проекты по демонтажу шахтных сооружений, рекультивации и строительству отстойников. Среди подрядчиков, на которых сейчас у следствия есть вопросы, — ООО «Сибстройинвест», компания, выполнявшая крупные заказы на КУБе, но впоследствии ликвидированная. Система с выделением бюджетных средств и невыполнением работ не ограничивается только КУБом: аналогичные претензии есть и к работам на шахтах Кузбасса.
Восстановление экологии КУБа может в будущем перейти под контроль Министерства природных ресурсов, которое уже рассматривает возможность включения региона в новый экологический проект взамен программы «Чистая страна». Планы Минприроды включают строительство современных очистных сооружений, которые потребуют крупных бюджетных вливаний.