Пожар потушили за два часа, но это было только началом всех проблем. Как оказалось, при происшествии из ТЭЦ-3 разлилось около 20 тыс. тонн топлива, часть которого попала в реку Далдыкан. К 30 мая сотрудникам удалось собрать лишь 100 тонн.
Чтобы оценить масштабы катастрофы, на место направили специалистов Енисейского управления Росприроднадзора, которые взяли пробы воды и почвы. При этом на территорию самой ТЭЦ их не пустила охрана — глава ведомства Светлана Родионова пообещала провести административное расследование.
1 июня инцидентом заинтересовалась норильская прокуратура. Изучив материалы проверки, она возбудила уголовное дело по ч. 1 ст. 254 УК РФ («Загрязнение и иная порча земли опасными химическими веществами»). Тем временем об экологическом бедствии заговорили в Москве: 2-го числа Росрыболовство заявило, что на восстановление водной системы, пострадавшей из-за разлива топлива, уйдут десятки лет, а общий ущерб ещё только предстоит установить. Тогда же вице-премьер Виктория Абрамченко поручила федеральному руководству Росприроднадзора вылететь в Норильск, чтобы лично оценить последствия катастрофы.
Одновременно с этим 2 июня на официальном сайте «Норникеля» появилось сообщение, что в Норильск прибыл первый вице-президент — операционный директор компании Сергей Дяченко. Он выдвинул другую версию произошедшего: как говорит топ-менеджер, авария произошла из-за расщепления грунта и проседания опор, а не столковения автомобиля с резервуаром.
3 июня Путин провёл совещание по ликвидации последствий ЧП. Он раскритиковал систему оповещения об аварии и напрямую обратился к директору НТЭК Сергею Липину: «Мы что, будем узнавать о чрезвычайных ситуациях из социальных сетей, что ли?
У вас там всё в порядке со здоровьем?» По словам Путина, власти региона узнали об экологической катастрофе только через два дня, глава МЧС Евгений Зиничев также не получал сообщений о ситуации в Норильске.
По итогам совещания президент согласился с оценками Зиничева о масштабах катастрофы и признал эту ситуацию ЧС федерального масштаба. Вскоре в Норильске задержали начальника цеха ТЭЦ-3, по факту аварии в итоге завели три уголовки: о порче земли, загрязнении воды и нарушении правил охраны окружающей среды при проведении работ. В МЧС же сообщили, что с места ЧП вывезли 4,5 тысячи тонн загрязнённого нефтепродуктами грунта, а с реки собрали 30 кубометров горючего.