Родился 27 мая 1975 года в городе Ленинград (Санкт-Петербург).
Получил среднее профессиональное образование.
В 1995 году вступил в партию КПРФ, заняв пост секретаря Смольнинской комсомольской организации Центрального района Санкт-Петербурга при КПРФ.
В 1999 году стал одним из учредителей Союза коммунистической молодежи Российской Федерации, был избран секретарем Центрального комитета союза коммунистической молодежи Российской Федерации по международным связям, где проработал до 2002 года.
Возглавлял общественную организацию Коммунисты Петербурга и Ленинградской области. Под его руководством и при его непосредственном участии КПЛО осуществила десятки инициатив и акций, имевших большой общественный резонанс. Среди них изготовление икон с образом И. В. Сталина и призыв к канонизации Сталина, переименование деревни Подосье Псковской области в деревню Сталина путём сельского схода срыв празднования дня рождения председателя петербургского ЗАКСа в Тюльпанова в элитном «Талеон-клубе».
В 2003 году стал первым секретарем Горкома партии Коммунисты Петербурга, появившейся на базе петербургского отделения Союза коммунистической молодежи Российской Федерации и некоторых районных отделений КПРФ.
В 2009 году издательство «Лениздат» выпустило историческую роман-хронику С. А. Малинковича «Фанатики» о мировом революционном движении.
С 2013 году принимает участие в выборах в различных регионах и городах РФ. Становился за это время кандидатом более 50 раз.
19 сентября 2021 года избран депутатом Законодательного собрания Алтайского края по краевому избирательному округу по списку партии Коммунисты России.
В 2022 году стал председателем партии «Коммунисты России» вместо своего товарища Максима Сурайкина, которого обвиняют в продаже мест в партии и незаконном обогащении почти на миллиард рублей. По словам СМИ, операцией руководил Сергей Малинкович и его соратники, который и возглавил партию.
Сергей Малинкович не женат, детей нет.
В 2024-м выдвигался от своей партии на президентские выборы.
08.02.2024 ЦИК отказала С. Малинковичу в регистрации в качестве кандидата на пост Президента Российской Федерации.
96 019 подписей – действительные, 8 979 – недействительные, - ЦИК России.
ЦИК: в подписных листах в поддержку Малинковича были выявлены подписи 8 умерших людей.
В июне 2024 года Сергей Малинкович призвал амнистировать 150 000 пассажиров-безбилетников, пойманных контролерами в Петербурге в 2024-м году.
Малинкович заявил, что пойдёт на выборы губернатора с программой «10 сталинских ударов по капитализму», полностью адаптированной под нужды Петербурга.
В середине июля 2022 года Малинкович попал под подозрение в изготовлении и распространении порнографии. Инцидент был замят.
Привлекался к административной ответственности за нарушение правил хранения и коллекционирования оружия и патронов к нему.